اول آبان 1213 بود که خبر مرگ دومین شاه از دودمان قاجار اعلام شد.

به نقل از کتاب « تاریخ اجتماعی و سیاسی ایران در دوره قاجاریه » اثر مرحوم سعید نفیسی، فتحعلی شاه پس از فرستادن محمدمیرزا به آذربایجان از تهران به عزم جنوب حرکت کرد تا شهرتی را که سال قبل متعاقب فوت ولیعهد دایر بر مرگ شاه منتشر شده بود، از میان ببرد و هم بقایای مالیاتی فارس را که فرماندار از پرداخت آن ابا داشت وصول کند.
به این دو قصد با سی هزار سوار و پیاده از تهران به کاشان رفت و فرماندار در فین کاشان به خدمت پدر رسید، ولی به جای تمام بدهی خود فقط سیزده هزار تومان تقدیم کرد و این مسئله مزاج شاه که علیل نیز بود بیش از پیش دچار انحراف نمود و امر داد تا فرماندار را محبوس کنند و مأمورین و مستوفیان مخصوصی برای وصول بقایا به فارس بروند و با این که حال مزاجی شاه شدت یافته بود در همان جمعی از خواجه سرایان و اعیان همراه خود را نیز به اطراف برای جمع مالیات مأموریت داد.
یکی دو روز بعد از حرکت این جماعت از اصفهان فتحعلی شاه به سن ۶۸ سالگی و پس از ۳۷ سال سلطنت در اصفهان درگذشت. جسد او را برای دفن به قم بردند و در حرم فاطمه معصومه به خاک سپردند.

بیشتر بخوانید : مرگ تلخ دخترآبی بهانه ای برای نبش قبر تمام سکوتها

مقبرهٔ فتحعلی شاه قاجار در شمال صحن عتیق مرقد فاطمه معصومه قرار دارد. این مقبره در زمان زندگانی فتحعلی شاه قاجارو به دستور خود او ساخته شده است. قبر فتحعلیشاه اکنون در جایی ست که دفتر خدمات زائران قرار دارد. کتیبه‌ای سنگی نیز در مجاورت آن به چشم می‌خورد که بازدید از آن برای عموم امکانپذیر است.

سنگ قبر فتحعلی شاه از داخل حرم خارج شد و در موزه آستان مقدس حرم معصومه نگه‌داری می‌شود.